观众席上的绝地也拿着光剑冲下来，刑场走出了许多战斗机器人，双方开始混战。战斗机器人杀死了一些武士，但也伤亡惨重。不过没关系，这些战斗机器人成本低廉，制作简易，要不了多久就能补充回来。战斗机器人将绝地连同受刑的三人包围起来，杜库本想劝降他们，但没等他开口，天空中又下来几架运输机，带着不少共和国士兵。

那些士兵向他们开火，邦联成员终于坐不住了，开始四处逃窜。杜库用原力击落了两架，随后也迅速逃离。他驾驶悬浮摩托前往机库，邦联的一部分领导人组织了战斗机器人在野外和共和国军开战。共和国军的兵力被牵制，但还是有一艘运输机对杜库紧追不舍。

杜库用原力干扰了运输机，让运输机受到不足以坠毁但足以逼迫他们降落的损伤，运输机迫降在沙地上，上面的共和国军眼睁睁看着杜库逃远。

逃走的杜库去和他的前主人接头，并在会面中用原力杀死了他，杜库的原力远胜于那个西斯，在尝试抵抗后，那个西斯被杜库杀死了。同一天，共和国议长帕尔帕庭失踪，此前帕尔帕庭已经获得了紧急状态的军事指挥权，突然的失踪让共和国陷入混乱，给了邦联突然开战的准备时间。

双方重整之后，战争正式开始。共和国的克隆人军队实力强大，但邦联的战斗机器人数量众多，再加上卡贝勒斯资助的高科技和赐福造出的绝地兵团，邦联在战争中略占优势。战争中期，共和国开始对邦联将领发起斩首行动，在损失了两名无关紧要的将领后，杜库制造了克隆人绝地作为护卫保护剩余的将领。

一些绝地经受不住力量的诱惑，背叛共和国加入邦联，杜库自然很欢迎，他本人也在战争中收了几个徒弟，经过他的耐心教导和卡贝勒斯的赐福提升，这些徒弟无一不成为优秀的将领。绝地间有精神联结，这种能力在邦联绝地兵团中非常有用，在各处战斗的绝地用强大的原力彼此联结，这使得传讯更方便快捷，同时也方便他们进行战术沟通。

这场战争持